XX əsrin sonu Azərbaycan xalqının tarixinə faciələrlə dolu bir dövr kimi yazılıb. Ölkədə mövcud ictimai-siyasi vəziyyət, daxili çəkişmələr, bir-birinə xəyanət edən silahlı birləşmələrin bəd əməlləri torpaqlarımızın itirilməsi ilə nəticələnib. Zəngilan da digər rayonlarımız kimi xəyanətin qurbanı olub. Bununla da təqvimimizdə daha bir qara günün sayı artıb – 29 Oktyabr (1993-cü il)
Zəngilan müharibə alovunun qasırğasını 1990-cı ildən daha tez-tez hiss etməyə başladı. Ermənilər dəmir yolunu bağlayır, qatarları saxlayır, adamları girov götürüblər. 1992-ci ilin əvvəlindən isə rayonun sərhəd kəndləri döyüş zonasına çevrildi. Yerli əhali özümüzünkülərdən gizləyib saxladıqları ov tüfəngləri ilə torpaqlarımızı qoruyurdular. Ermənilər isə xarici havadarların köməyilə mükəmməl silahlanıblar.
Zəngilanın işğalı artıq 1992-ci ildə faktiki olaraq reallaşmışdı.
1992-ci ilin yanvar ayının sonunda ermənilərin Zəngilana mütəşəkkil hücumları başlayır. Fevralın 1-də Günqışlaq, Qazançı, Dərəli və Vejnəli kəndinə basqın edirlər. Artıq döyüşlər intensiv xarakter almışdı. Aprelin 9-da erməni silahlı birləşmələri Qazançı, Seyidlər, Dərəli, Ağkənd, Pirveyis, Günqışlaq kəndlərinə soxulur. Evlərə od vururlar. Beləliklə, bu kəndlər ermənilərin nəzarəti altına düşür. 2 həftə sonra Qazançı və Dərəli kəndləri azad edilsə də Seyidlər kəndi mühasirədə qaldı. Bundan sonra ermənilərin növbəti hücumu iyunun 29-da oldu. Çox ağır və qanlı döyüşlər iki saat çəkdi. Artıq iyulun 6-da düşmən rayon mərkəzini atəşə tutur. Bütün yayı Zəngilanın kəndləri və rayon mərkəzi düşmən atəşinə məruz qalır. Bir müddət fasilə verdikdən sonraoktyabrın 20-də ermənilərin döyüş təyyarələri rayon mərkəzini bombalayır. Belə şəraitdə Bakıda hələ də siyasi hərc-mərclik hökm sürürdü. Dekabrın 10-da Seyidlər kəndi yenidən ermənilər tərəfindən işğal olunur. Beləliklə də, 1992-ci ilin sonuna Zəngilanın 13 yaşayış məntəqəsi, bir çox strateji yüksəklikləri düşmənin əlinə keçib. Bununla da rayonun işğalının əsası qoyulub.
1993-cü ildə isə döyüşlər ara verməyib. Yaz fəslində ermənilərin hücumları daha da intensivləşib. Martın 2-də Aşağı Göyəli və Canbir kəndləri işğal olunur. 2 günsonra Şayıflı və ətraf kəndlərə düşmən hücumları genişlənir. Rayon mərkəzi atəş altında idi. Belə bir şəraitdə çətinliklərə baxmayaraq mərd əhali təslim olmur, düşmən hücumları dəf edilirdi. İyulun 19-da Qızıldaş qəsəbəsi döyüş meydanına çevrilmişdir. Avqustun 25-də erməni hərbi birləşmələri genişmiqyaslı hücuma keçərək daha 5 kilometr irəliləyiblər. Rayon mərkəzinin mühasirəyə düşmək təhlükəsi daha da artıb. Oktyabrın sonuna yaxın rayon tam mühasirə vəziyyətinə düşüb. Oktyabrın 25-26-da Sığırt və Bartaz yüksəklikləri işğal olunub. Bununla da Zəngilanın mühasirəsi başa çatdırıb.
Zəngilan Birinci Qarabağ müharibəsində 188 şəhid verib, bu günədək rayonun 44 sakini itkin düşmüş sayılır.